Die Pater-Damian-Sekundarschule – im Volksmund PDS genannt – entstand im Jahr 1995 aus der Fusion der Eupener Traditionsschulen „Collège Patronné“, welche am Kaperberg angesiedelt war, und dem „Heidberg Institut“ (eigentlich „Institut Maria Verkündigung“), das seinen Sitz am gegenüberliegenden Heidberg hatte. Mit der Fusion endete die Zeit der Geschlechtertrennung an Eupens freien Schulen in christlicher Trägerschaft.
Erster Direktor der fusionierten Schule am Kaperberg war Roger Wintgens, dem Karl-Heinz Pluymen als stellvertretender Direktor zur Seite stand.
Unter Roger Wintgens wurde die Schule weitläufig ausgebaut: eine Sporthalle mit sechs Umkleideräumen, die Platz für drei parallel stattfindende Sportgruppen bot, vier Naturwissenschaftsräume auf dem neuesten Stand der Technik und 15 zusätzliche Klassenräume konnten für die rasch wachsende PDS im Jahre 1998 in Betrieb genommen werden.
Im Jahr 1998 wurde auch ein erstes Schulprojekt verabschiedet, das in einer Vielzahl von Arbeitssitzungen von alten und jungen Kollegen geschaffen und vom gesamten Kollegium, aber auch vom Elternrat und Schülerrat verabschiedet wurde.
Nach Roger Wintgens tragischem Tod im Jahr 2000 übernahm Karl-Heinz Pluymen die Leitung der Schule, wobei ihm Brigitte Piel als stellvertretende Direktorin zur Seite stand. Der Erfolg der Schule führte zu zusätzlichen Erweiterungen. So wurde bereits drei Jahre später der freiliegende Geländeteil zwischen dem 1936 errichteten L-förmigen Gebäudeteil und dem 1984 in Betrieb genommenen Neubau durch einen Zwischenbau geschlossen. Er umfasst vier zusätzliche Klassen sowie mehrere Lehrerzimmer.
Im Jahre 2008 war die Pater-Damian-Schule auf über 1200 Schüler angewachsen, das Kollegium umfasste über 130 Personen und die Leitung der Schule wurde zusehends schwieriger. In diese Zeit fiel dann die Erprobung eines Pilotprojektes, das die Einführung von Middle-Management-Strukturen in den Sekundarschulen der deutschsprachigen Gemeinschaft zum Ziel hatte. AB diesem Zeitpunkt unterstützten drei Koordinatoren – halbtags – die Direktion im Bereich der Schulentwicklung.
Im Jahr 2012 wurde das Schulprojekt um ein Leitbild ergänzt, welches die Ziele der Schule in wenigen Sätzen zusammenfasst und konkrete Anhaltspunkte für ihre Umsetzung bietet.
2012 wurde Brigitte Piel als beigeordnete Schulleiterin in den Ruhestand verabschiedet und durch Monika Mertens ersetzt.
Im gleichen Jahr startete die bis heute letzte infrastrukturelle Erweiterungsphase der Schule: Ein neues Schulrestaurant, ein neuer Festsaal mit gut 700 Sitzplätzen sowie ein weiterer kleiner Sportsaal wurden errichtet. Der Neubau konnte im Jahre 2014 in Betrieb genommen werden. Im September 2015 wurde die neue Schulmediothek in der ehemaligen Aula in Betrieb genommen.
Von 2016 bis 2020 leitete Elmar Schlabertz die Schule. Während dieser Zeit wurde der Bereich „Digitalisierung“ in den Vordergrund gerückt. Hierzu zählt die digitale Plattform „Smartschool“, die Anschaffung von Chromebooks und die Einsetzung des „Digital Teams“.
Seit September 2020 ist Marie Kever die neue Schulleiterin der PDS. Dieses Ereignis markierte den Einstieg in einen Schulentwicklungsprozess, der auf fünf Jahre angelegt ist und vier Bereiche umfasst: Kommunikation, Leitbild, Schülerzentrierter Unterricht und Medien. Hier arbeiten Personalmitglieder in Projektgruppen an der Weiterentwicklung der Schule. Seit dem Schuljahr 2022-2023 arbeitet die Schule mit der neuen digitalen Schulplattform „Skolengo“.